Diseño y evaluación de marcadores microsatelites asociados con el transcriptoma de phytophthora capsici.

Plan de Estudios de Ingeniería Biotecnológica

Phytophthora capsici es un oomicete que afecta cultivos de solanáceas, cucurbitáceas, fabáceas y otros cultivos en Estados Unidos (EE.UU.) y el mundo entero. La investigación en la estructura genética de este patógeno ha incrementado en las recientes décadas, sin embargo, tales estudios han usado marcadores limitados debido a la ausencia de recursos genómicos para P. capsici. La reciente publicación del genoma de P. capsici permite el diseño de marcadores a partir del genoma completo para estudios genéticos. Los microsatélites o simples secuencias repetidas (SSRs) han sido marcadores preferidos debido a su naturaleza codominantes y alto polimorfismo. Identificando SSRs asociados con secuencias transcrito es de interés ya que ellos constituyen marcadores anotados con una función predicha. En este estudio, se usó un enfoque in silico para identificar SSRs en el transcriptoma de P. capsici y para diseñar primers para análisis genético. Usando la herramienta de identificación de microsatélites (MISA), el número total de SSRs perfectos de 1-6 pb detectados en el transcriptoma de P. capsici (19,805) representa 9.36% (1,855 SSRs). Los SSRs identificados en su mayoría incluyen trinucleotidos repetidos, de los cuales el motivo repetido AAG fue el más abundante (7.92%). Cincuenta primers fueron diseñados para detectar SSRs; el conjunto de primers SSRs fue evaluado en un siete aislamientos de P. capsici, y varios fueron polimórficos. La identificación de SSRs mejora el actual recurso de marcadores moleculares de este patógeno, el cual facilitara estudios genéticos de P. capsici en EE.UU.